Nie można jednoznacznie powiedzieć że płatne certyfikaty SSL są lepsze, a darmowe gorsze. Technologicznie są takie same, szyfrują transmisję wykorzystując taką samą technologię.
Jednak :>
Płatne certyfikaty mają dodatkowe dwa poziomy potwierdzenia wiarygodności posiadacza certyfikatu, której to wiarygodności nie potwierdzi się darmowym certyfikatem.
Zweryfikowana informacja o właścicielu domeny to istotna różnica w pewnych przypadkach np. sklep czy bank, warto żeby miały płatny certyfikat ze względów wizerunkowych. Zielony napis z nazwą firmy przy kłódce w pasku adresu nie jest i według zapowiedzi nie będzie osiągalny z darmowym certyfikatem SSL. Jednak nie wszystkie serwisy potrzebują takiego zielonego wyróżnika :)
Popełniłem szerszego posta o wybieraniu certyfikatu ssl na stronę "SSL darmowy czy płatny?"